Vergi Usul Kanunu’nun 134’üncü maddesinde ifade edildiği üzere “Vergi incelemesinden maksat, ödenmesi gereken vergilerin doğruluğunu araştırmak, tespit etmek ve sağlamaktır.” Bu bağlamda “incelemeye yetkili olanlar tarafından lüzum görüldüğü takdirde inceleme, işletmeye dahil iktisadi kıymetlerin fiili envanterinin yapılmasına ve beyannamelerde gösterilmesi gereken unsurların tetkikini (incelenmesini) yapan tarafından tasdik edilen gider Hazinece mükellefe ödenir.
Vergi incelemesi; Vergi Müfettişleri, Vergi Müfettiş Yardımcıları, ilin en büyük mal memuru veya vergi dairesi müdürleri tarafından yapılır. Gelir İdaresi Başkanlığı’nın merkez ve taşra teşkilatında müdür kadrolarında görev yapanlar her hal ve takdirde “vergi inceleme” yetkisini haizdir.
Vergi Usul Kanunu’na veya diğer kanunlara göre defter ve hesap tutmak, evrak ve vesikaları muhafaza ve ibraz etmek mecburiyetinde olan gerçek ve tüzelkişiler vergi incelemelerine tabidir.
Vergi incelemesinin ne zaman yapılacağının evvelden (önceden) haber verilmesi mecburi değildir.
İnceleme, neticesi alınmamış hesap dönemi de dahil olmak üzere, tarh zamanaşımı süresi sonuna kadar her zaman yapılabilir. Daha önce inceleme yapılmış veya matrahın re'sen takdir edilmiş olması yeniden inceleme yapılmasına ve gerekirse tarhiyatın ikmaline mani değildir. Vergi incelemeleri, esas itibariyle dairede yapılır. Bu bağlamda “incelemeye tabi olanın lüzumlu defter ve vesikalarını (belgelerini) daireye getirmesi kendisinden yazılı olarak istenir.”
İstenilen defter veya vesikaları belli edilen zamanda mazeretsiz olarak getirmeyenler, bunları ibraz etmemiş sayılırlar. Haklı bir mazeret gösterenlere, defter ve vesikalarını ibraz etmesi için münasip bir mühlet (süre) verilir. İncelemenin dairede yapılması, incelemeye tabi olanın iş yerinde tespit yapılmasına ve çalışmalarda bulunulmasına mani değildir.
Mükellef ve vergi sorumlusunun talep etmesi ve iş yerinin müsait olması halinde inceleme iş yerinde de yapılabilir. Bu maddenin uygulamasına ilişkin usul ve esaslar Hazine ve Maliye Bakanlığınca çıkarılan yönetmelikle belirlenir. Uygulamada incelemeye tabi olana, vergi incelemesinin konusunu ve incelemeye başlanıldığı hususunu bir yazıyla bildirirler. Ayrıca, yazının bir örneğini bağlı olduğu birime ve ilgili vergi dairesine gönderilir.
İncelemenin iş yerinde yapılması halinde nezdinde inceleme yapılanın muvafakati olmadıkça resmi çalışma saatleri dışında inceleme yapamazlar veya buna devam edemezler (Tutanak düzenlenmesi ve inceleme ile ilgili emniyet tedbirlerinin alınması bu hükmün dışındadır. Ancak bu gibi tedbirler, incelemelerin yapıldığı yerdeki faaliyeti sekteye uğratmayacak şekilde yapılır);
İnceleme bitince, bunun yapıldığını gösteren bir vesika nezdinde inceleme yapılana verilir.
Vergi kanunlarıyla ilgili Cumhurbaşkanı kararı, yönetmelik, genel tebliğ ve sirkülere aykırı vergi inceleme raporu düzenleyemezler. Ancak, bu düzenlemelerin vergi kanunlarına aykırı olduğu kanaatine varırlarsa bu hususu bağlı oldukları birimler aracılığıyla Gelir İdaresi Başkanlığına düzenleyecekleri bir rapor ile bildirirler.
İncelemeye başlanıldığı tarihten itibaren, tam inceleme yapılması halinde en fazla bir yıl, sınırlı inceleme yapılması halinde en fazla altı ay, katma değer vergisi iade incelemelerinde ise en fazla üç ay içinde incelemeleri bitirmeleri esastır. Bu süreler içinde incelemenin bitirilememesi halinde ek süre talep edilebilir. Bu talep vergi incelemesine yetkili olanların bağlı olduğu birim tarafından değerlendirilir, tam ve sınırlı incelemelerde altı ayı, katma değer vergisi iade incelemelerinde ise iki ayı geçmemek üzere ek süre verilebilir. Bu durumda, vergi incelemesi yapmaya yetkili olanların bağlı olduğu birim tarafından incelemenin bitirilememe nedenleri yazılı olarak nezdinde inceleme yapılana bildirilir. Vergi incelemesi yapmaya yetkili olanların bağlı olduğu birimler vergi incelemesinin öngörülen süreler içinde bitirilmesi için gerekli tedbirleri alırlar.
Vergi müfettişleri ile vergi müfettiş yardımcıları tarafından düzenlenen vergi inceleme raporları, işleme konulmak üzere ilgili vergi dairesine tevdi edilmeden önce, meslekte on yılını tamamlamış en az üç vergi müfettişinden oluşturulacak rapor değerlendirme komisyonları tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirilir. İncelemeyi yapanla komisyon arasında uyuşmazlık oluşması halinde uyuşmazlığa konu vergi inceleme raporları üst değerlendirme mercii olarak, Maliye Bakanlığı’nca belirlenen tutarları aşan tarhiyat önerisi içeren vergi inceleme raporları ise doğrudan, Vergi Denetim Kurulu Başkanlığı bünyesinde bir başkan yardımcısının başkanlığında dört grup başkanından oluşan beş kişilik merkezi rapor değerlendirme komisyonu tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirilir. İncelemeyi yapanlar, bu komisyon tarafından yapılacak değerlendirmeye uygun olarak düzenleyecekleri vergi inceleme raporlarını işleme konulmak üzere bağlı oldukları birime tevdi ederler. Veysi Seviğ
